张烈：北方突厥族出身，雄才大略，气度非凡。父亲是突厥部落族长，母亲张氏则是父亲掳来之汉人姑娘。后來父亲被汉人出卖而死，母亲带他避居河西，他长大后，顺利找到仇人并且手刃，并北返大漠，重振自己父亲部族。张烈见南方中国的皇帝杨广不恤民生，有心逐鹿神州，于是南下结交中原豪杰，并与李靖夫妻拜为结义兄弟。但因妻子拓跋月兒的部落此时发生災变，于是再北返大漠，协助拓跋族渡过难关。
宇文拓：隋朝之镇国太师，拥有蓝黑双瞳之“阴阳眼”及古铜色之发。身上佩带一把金色之上古神器轩辕剑，一人一剑在战场上轻易即可摧毁万千大军，让变民盜匪闻之色变，杨家全赖他得以继续延续。宇文拓本是北朝（北周）皇室后裔，因国家被隋朝所篡，他自小流落于民间。幸好隋朝名将杨素发现了他，看出他的素质，就收他为徒，并让自己师弟杨义臣收他为义子。杨素死后，宇文拓就担负起继续捍卫杨家天下的重责大任。
独孤宁珂：隋朝郡主。太后独孤氏的外孙、隋炀帝之表甥女。
宁珂郡主虽出身于皇家，但对宇文拓之作法似乎十分不以为然，于是仰仗隋炀帝对她这个甥女的疼爱，以及自己郡主身份的方便，暗中不断想法子偷偷协助陈靖仇一行人对抗宇文拓，让宇文拓处处置身腹背受敌的状态，十分头痛。其实是大魔头的手下，不过，好像《轩辕剑》中的大魔头总是会遭到属下反叛的报应。
陈辅：字稷业，陈靖仇的师父。
陈辅是陈朝的忠心大臣，陈朝被北方隋朝灭了之后，他曾与陈靖仇父亲一起在江南兴兵起义，打算复兴故国，结結果却被隋朝名将杨素以及一位神秘少年杀得大败，全军覆没。朝廷为了斩草除根，四处搜捕陈氏遗族，陈辅以自己唯一孙儿当代替品，救出襁褓中的陈靖仇，带往江南隐姓埋名，并将复国重任全寄托在这位小少主的身上。
古月仙人：即“古月圣”，他是《轩辕剑2》的主角之一，在中段会出场。仙山岛最深处隐居的年轻仙人，飘逸潇洒，气质不凡。据说他的医术在仙界，也堪称是第一、第二位之绝。
然翁：即“何然”，《轩辕剑二》的主角，在《轩辕剑二》中打败轩辕剑士及壶中仙。仙山岛最深处隐居之老仙人，为人和蔼可亲，拥有足以上天入地之御剑之术。
氐人族女王：海中民族氐人族之领导者。实际年龄为一百岁，但因“青春不老結界”力量守护着，所以看起來美艳有如二十岁出头。由于黑龙王不断四出吞食氐人族百姓，她为自己子民请命，恳求陈靖仇一行人去为她们消灭黑龙王……但她此举反成后來一连串悲剧的开始。
游戏中还出现了隋炀帝、李世民、秦叔宝、程咬金等真实历史人物。
