在这种背景下，修仙一脉逐渐崛起，由于有所成就的修仙者往往天资卓绝，所以他们的个人实力要远高于普通神族，但修仙者的整体实力仍然远远不如统治大荒数万年的神族。
也因此修仙者受到了神族的大力打压，生存的相当艰难，全靠在神族各个分支之间左右逢源，才能得以缓慢发展。
直到后来神族大分裂，蚩尤大神和炎帝两个大同盟，相互攻伐，双方都是损失惨重，势力大减，修仙者当时的领袖公孙轩辕乘机收服战败的炎帝一脉，然后又击败了蚩尤一脉，一统大荒。从此修仙者开始占据大荒统治地位。
上古之世，诸神大战的恶果开始显现，天地元气日益稀薄，要像洪荒强者一般完全的煅炼肉体已经成为不可能。将元神和天地元气混合在一起修炼，养成元婴以为根本，并最终借助天地元气重塑肉身的修仙法门逐渐开始流行。
再加上公孙轩辕一统大荒，为了防止神族的势力死灰复燃，便下令杂徙百族，其目的便是使各族血统混淆，以从根本上摧毁神族存在的基础。修神法门从此逐渐没落，而修仙法门逐步压倒其它诸多修行法门，并最终成为最正统的修行之法。当然此举引发的反抗也不少，像神族刑天就曾经起兵抗争，但最终仍是落得个兵败被杀的下场。
部分神族为了对抗修仙者的霸权，追奉蚩尤为神帝，统合残部，抗争不断，并曾在大禹手上重新夺回大荒霸权，大禹的儿子启更是建立夏朝，神族势力一度曾经压过修仙者，但最终仍然被修仙者击败。神族人才日益凋零，虽然几经挣扎，毕竟是人才匮乏，竟然是无力回天，除了在西夷蛮荒之地的几个神族分支传承还比较完整外，在中土的神族遭受了重创，从此活动只能转入地下，再没有昔日的风光，处于弱势的神族行动自然不可能如之前那般光明正大，手段又不那么光彩，最后竟然被修仙者打成了魔族，而蚩尤也从此被称为魔祖，可以说此后做为一个整体的神族其实已经消失在历史的长河中。也是在这个时期，修仙者中的顶级强者耶和华开始前往西方主持消灭神族的残存势力，并最终创造出了天使这种强悍的战斗兵器，成为一方霸主。
此后随着种族的杂徙和人口繁衍，神族血统逐渐扩散入普通人中，伴随的便是普通神族后裔身上所有的神族血统日益稀薄，也因此普通的神族后裔已经不再能继承先祖的能力，但在特殊情况下这些神族后裔仍然会觉醒，并获得先祖的部分能力。即便如此这种能力也是随着血统的稀薄日益衰落，较之太古神族所能继承的力量不可同日而语，因为能力的觉醒具有极大的偶然性，因此这种力量开始慢慢为世人所知，便是世间所说的特异功能。
没有对手的修仙者日益腐朽堕落，终于在随后的岁月里再次受到挑战，此次危机来自修仙者内部。修仙者中的妖族修仙者试图消灭人类修仙者，这些妖物虽然远不如洪荒时代的荒兽来得强大，但他们的数量并不比人类修仙者来得少，而且更可怕的是这些妖族修仙者也掌握了高段的修仙法门。他们团结在通天教主领导的碧游宫周围，影响力不断扩大，开始挑战人类修仙者的统治地位，这也最终导致了阐截两教的大混战，也就是封神之战。
